Dans ce quatrième et ultime opus d'Evangelion, la WILLE débarque à Paris, ville détruite par une catastrophe nucléaire. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement et dispose de seulement 720 secondes pour reconstruire la ville. Quand une horde de Nerv Evas surgit, l'unité 8 Eva de Mari doit les intercepter. De leur côté, Shinji, Asuka et Rei continuent à errer au Japon.